Você pode tentar fazer isso:
- reconecte a unidade e coloque o link simbólico novamente
- deixe sincronizar até que todo o conteúdo esteja na caixa de depósito
- remova a unidade
- deixe o Dropbox apagar o conteúdo da pasta
- remova o link simbólico
- na Web, clique no botão para exibir o conteúdo excluído
- marque a pasta para recuperação
- no seu cliente Dropbox, na sincronização seletiva marque a pasta para que ela não seja sincronizada com o seu Mac
Isso deve fazer o que você quiser. E lembre-se, você também pode usar a sincronização seletiva para algumas subpastas, para que você ainda possa ter parte do conteúdo no seu Mac e sem a unidade.