Você pode fazer isso diretamente da linha de comando:
for %F in ("A\*.gif") do @if not exist "B\%~nF.jpg" echo del "%F"
Acima do exemplo simplesmente imprime os comandos para que você possa verificar se o que você deseja. Depois que você tiver certeza de que está tudo certo, remova echo e ele irá executar delete .
É claro que você pode colocar isso em um lote, se desejar, substitua % por %% e remova @ (e provavelmente adicione @echo off )