Você pode fazer isso diretamente da linha de comando:
for %F in ("A\*.gif") do @if not exist "B\%~nF.jpg" echo del "%F"
Acima do exemplo simplesmente imprime os comandos para que você possa verificar se o que você deseja. Depois que você tiver certeza de que está tudo certo, remova echo
e ele irá executar delete
.
É claro que você pode colocar isso em um lote, se desejar, substitua %
por %%
e remova @
(e provavelmente adicione @echo off
)