A Microsoft possui alguns documentos que descrevem como o Windows funciona com a EFI e espera que as partições sejam apresentadas:
A conclusão é que a Microsoft espera que certas partições estejam presentes em uma determinada ordem. Desviar-se das expectativas da Microsoft não é necessariamente um erro, mas fará com que o instalador grite, como você viu. Desvios podem causar problemas abaixo da linha em certos casos. Por exemplo, considere o seguinte canal para a Partição do sistema EFI (ESP):
- Partição do OS # 1
- ESP
- Partição do OS # 2
Suponha que você queira remover o OS # 2 e dar seu espaço ao OS # 1. O ESP vai ficar no caminho, complicando essa expansão. Ainda pode ser feito e de várias maneiras; mas seria mais fácil se o ESP fosse a primeira partição no disco.
Também pode haver mais problemas específicos do Windows com a partição reservada do Windows, que as ferramentas de particionamento do Windows podem usar ao redimensionar partições.