Você pode usar wmctrl para controlar as janelas e a área de trabalho a partir da linha de comando. (Se você estiver efetuando login via SSH ou console virtual, provavelmente terá que configurar DISPLAY para: 0 primeiro.) Por exemplo:
## List windows
wmctrl -l
## Put the window (find window id in above list) below other windows:
wmctrl -i -r 0x04800004 -b add,below
## Remove maximization:
wmctrl -i -r 0x04800004 -b remove,maximized_horz,maximized_vert
Eu não descobri como minimizar uma janela com o wmctrl, mas você pode mostrar a área de trabalho (ou seja, minimizar todas as janelas) com
wmctrl -k on