Eu não sei como alterar o cabeçalho para designar um fluxo de áudio padrão diferente no arquivo.
Eu sempre usei o Virtual Dub para remover o segundo fluxo e escolher um fluxo específico para a saída. Ou para carregar um arquivo de áudio separado após o processamento em um programa de áudio.
Virtual Dub mod, porém, foi capaz de trabalhar com vários fluxos de áudio de forma mais eficaz link Com o Virtual Dub mod você pode ver e altere os fluxos de áudio na seção de áudio.
Em ambos os programas, não há necessidade de recodificar o áudio ou o vídeo. Se você selecionar Direct Stream, é só passar o vídeo inteiro e reescrevê-lo. Demora muito mais tempo do que mudar um cabeçalho, mas é rápido o suficiente.
Esta informação é para sistemas Windows, você não listou em qual sistema isso deve ser feito?