A solução com wget seria algo como:
wget --header="Authorization: token <OAUTH-TOKEN>" -O - \
https://api.github.com/repos/<owner>/<repo>/tarball/<version> | \
tar xz --strip-components=1 && \
cp -r <dir1> <dir2> ... <dirn> <destination-dir>/
Notas:
-
--strip-components=1removerá o diretório de nível superior contido na armação criada pelo GitHub, - certifique-se de não colocar um
/no final dos diretórios que devem ser copiados comcp(<dir1>,<dir2>, ...,<dirn>) e que o resultado final/está presente no final do diretório de destino (<destination-dir>).