Talvez alguns arquivos dentro da pasta (ou dentro das subpastas) estejam bloqueados pelo Windows, pois podem estar sendo usados por outros programas / processos.
Quando isso aconteceu comigo, usei um programa chamado "Unlocker" que, como o próprio nome indica, desbloqueia arquivos em uso e permite que você os exclua (e, portanto, exclua toda a estrutura de pastas).
Observe que o Windows ou seu programa antivírus pode detectá-lo como um vírus, portanto, use-o por sua conta e risco. No entanto, usei-o várias vezes (pelo menos nos dias do Windows XP) e nunca tive um problema.
Outra opção é tentar excluir os arquivos / pastas no "modo de segurança" do Windows (pressione F8 ao reinicializar o computador para entrar nesse modo). Você pode até tentar "Unlocker" no modo de segurança e ver o que acontece (não tenho certeza).
E se essas duas opções falharem, você pode simplesmente ter um vírus.
BTW, duvido que a pasta "profundidade" em si é a causa do problema, mas mais provavelmente, o "efeito" de ter um vírus.
Ainda assim, você poderia nos dar o caminho completo aqui? É suspeito que você tenha tantas pastas aninhadas "Dados de aplicativos".