Eu tenho o mesmo problema, e parece ser relatado como bug já . Você pode marcar que isso também afeta você para aumentar sua importância.
Como solução alternativa , eu recomendo abrir arquivos pdf com o Document Viewer / Evince da seguinte forma: Vá para Edit
→ Preferences
→ Applications
, procure por "pdf" e escolha Use Document Viewer
:
Com o arquivo, ele abre outra janela - mas o Evince é muito rápido e leve, então você não terá grandes perdas de desempenho.