Linux : De acordo com este fórum de um ano atrás, há duas opções no Linux: djvusmooth e o GNU ELPA djvu package .
Windows : WinDjView tem anotações de usuário.
Mac : não conheço nenhum.
E, claro, se você tiver apenas alguns arquivos DjVu, há sempre a opção convertendo para PDF e usando seu visualizador de PDF favorito.