Duas coisas provavelmente estão no seu sistema para que isso aconteça:
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A opção Ocultar extensões para tipos de arquivos conhecidos está marcada.
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Você não registrou o tipo de arquivo PHP em seu sistema e, portanto, é um formato de arquivo não reconhecido.
Estes combinados mostrarão extensões de arquivos .php enquanto outros documentos estão ocultos.
Você pode alterar isso quando abrir uma pasta e acessar: Ferramentas > Opções > Ver
Lá você verá a opção de desmarcar Ocultar as extensões dos tipos de arquivo conhecidos . Faça isso e salve.
Se você deseja ocultar as extensões de arquivo PHP, deixe a opção de extensões oculta e apenas registre o tipo de arquivo .