Você pode usar o Virtual Audio Cable para encaminhar os feeds de áudio.
Exemplos de como usá-lo estão nesta postagem "Como Produzir um Podcast de Áudio ao Vivo":
Eu preciso gravar o som de um único aplicativo (neste caso, minecraft) sem a gravação contendo outros sons de outros aplicativos.
Não consigo silenciar os aplicativos, já que preciso ouvi-los durante a gravação.
Existe alguma maneira de eu fazer isso?
Estou executando o Windows 7 de 64 bits, se isso for importante.
A razão pela qual estou perguntando isso é que o Windows tem a capacidade de controlar o som do aplicativo separadamente, então imagino que deve ser possível gravá-los da mesma maneira.
Você pode usar o Virtual Audio Cable para encaminhar os feeds de áudio.
Exemplos de como usá-lo estão nesta postagem "Como Produzir um Podcast de Áudio ao Vivo":