Acredite que precisa de outras dependências, eu os vi na página inicial do Meld, mas eles são opcionais. No Fedora, tente isto
yum install gtksourceview
yum install gnome-python2-gtksourceview
yum install gnome-python2-gnomeprint
Não consigo encontrar a opção para ativar a numeração de linhas. Seria muito útil!
Eu tive esse problema no Ubuntu e apenas para poupar outra pessoa desatenta do tempo que passei procurando por isso. Eu pensei em adicionar uma resposta aqui também.
Se você entrar em preferências, verá que a opção para mostrar os números de linha está esmaecida, mas se você passar o mouse sobre ela, ele diz para instalar o python-gtksourceview2.
Então, no Ubuntu:
sudo apt-get install python-gtksourceview2
E você deve ser bom para ir.