Você pode criar um programa (possivelmente em execução como um serviço) que monitore as alterações em um determinado diretório. Em seguida, sempre que reconhecer uma alteração, ela poderá decidir se ocultará ou não esse arquivo. Consulte Como obter notificações de alteração de diretório .
Tornar um arquivo oculto é bastante simples - basta usar SetFileAttribute .