Isso é completamente normal para ver esses picos nos drives de sistema tradicionais (giratórios).
O benchmark do HD Tune é projetado para escanear a unidade de fora para dentro (do começo ao fim) para que ela possa desenhar o gráfico da esquerda para a direita. Com esse tipo de escaneamento, o cabeçalho não precisa fazer saltos longos e é possível medir com confiabilidade as velocidades de leitura / gravação.
Em sua unidade de dados, ela funciona perfeitamente, mas na unidade do sistema, o SO tenta ler / gravar em outras áreas do HDD enquanto executa o benchmark. O disco rígido precisa reposicionar o cabeçalho, fazer o que o sistema operacional solicita e, em seguida, retornar ao caminho do benchmark, causando os picos.
Execute o benchmark de uma mídia ao vivo (por exemplo, o CD de inicialização do Hiren) e não haverá picos. Os SSDs também não mostram picos, porque eles não têm partes móveis, portanto, não há "penalidade" pela leitura não sequencial.