Ele espera que certos tipos de arquivos tenham uma sintaxe específica. Por exemplo, quando você abre um file.php, ele espera uma sintaxe do PHP e o colore de acordo.
Mas algumas pessoas usam tipos de arquivos incomuns, mas ainda querem usar a sintaxe do synect no editor, por exemplo file.txt ou file.bla com o conteúdo do PHP dentro.
A sintaxe é a "linguagem" dentro do arquivo, onde filetype é o tipo real do arquivo.