Use o modificador p :
A p indicates that a rule is perishable, meaning that it is ignored in directories that are being deleted. For instance, the -C option’s default rules that exclude things like "CVS" and "*.o" are marked as perishable, and will not prevent a directory that was removed on the source from being deleted on the destination.
Por exemplo, eu uso a opção -F , que "diz ao rsync para procurar arquivos .rsync-filter por diretório que foram espalhados pela hierarquia e usam suas regras para filtrar os arquivos na transferência."
Meu .rsync-filter contém linhas como essas para filtrar esses "excrementos" que os Macs deixam para trás:
-p .DS_Store
-p ._*
Se estiver usando exclude em vez de apenas - , adicione uma vírgula. Por exemplo:
exclude,p .DS_Store
exclude,p Thumbs.db