Eu também examinei esse problema recentemente e o mais perto que cheguei de uma resposta foi descobrir que (embora seja uma resposta para um pergunta semelhante-mas-não-duplicada-marcada nos links do StackOverflow para um artigo que afirma ser possível). A maioria dos programas criados para isso simplesmente observa todos os seus arquivos de atalho (.lnk) (geralmente no seu Menu Iniciar) para ver quais foram os atalhos atribuídos - mas isso é quase inútil.
No meu caso, não pude usar vários atalhos de teclado que normalmente uso o tempo todo no Eclipse e no WinSplit Revolution (o WinSplit até reclamou na inicialização sobre cada atalho de teclado que já havia sido usado por outra pessoa). Embora não tenha encontrado um programa que pudesse descobrir quem invadiu meus atalhos de teclado, encontrei uma solução alternativa.
- Para cada ícone na bandeja do sistema (a área da barra de tarefas à direita / abaixo da barra de tarefas), clique com o botão direito ou clique duas vezes e entre nas opções (às vezes chamadas de "configurações").
- Percorra todas as páginas de opções, procurando por qualquer menção a atalhos de teclado ou teclas de atalho.
- Desative os que você não usa em cada miniaplicativo da bandeja do sistema.
- Em alguns casos, não haverá opção para desativar as teclas de atalho e
sua única opção será desabilitar esse programa na inicialização ou
desinstalar o programa.
Em última análise, eu tive que desabilitar as teclas de atalho para cerca de meia dúzia de programas, e houve até mesmo um programa que eu tive que desinstalar. Alguns dos programas cujas teclas de atalho eu tive que desabilitar foram SnagIt (uma ferramenta de captura de tela), DisplayFusion (um enhancer da barra de tarefas), Skype, meu applet do painel de controle da placa de vídeo e TrueCrypt.