O fuso horário é um artefato de conversão de "instantes" para uma data e hora legível por humanos em algum calendário.
Os computadores não gostam de formatos legíveis por humanos (não tanto quanto humanos, pelo menos), então eles geralmente armazenam instantes em um formato neutro de zona. Por exemplo, no sistema de arquivos NTFS, os registros de hora são armazenados no UTC.
Portanto, a modificação do tempo de arquivo é armazenada corretamente, desde que quem a modifique saiba a hora atual. Se o seu sistema Windows exibir "13:19" e acreditar que ele está no fuso horário GMT-5, então ele inferirá que o instante atual é "18:19" no UTC e escreve o mesmo nas entranhas NTFS. No entanto, se o sistema operacional exibir "13:19", mas acredita estar no fuso horário GMT + 3, o sistema operacional estará desativado em oito horas, mesmo que, para o ser humano que está olhando a tela, as coisas pareçam boas.
Outro ponto é que o horário de modificação do arquivo é uma propriedade do sistema de armazenamento no qual o arquivo é armazenado, por exemplo, um sistema de arquivos. Quando um arquivo é "enviado", esse tempo não necessariamente viaja com ele. Alguns formatos de arquivo (por exemplo, Zip) incorporam o tempo de modificação do arquivo junto com o arquivo. Isso não se aplica a um arquivo enviado "como está", anexado a um email, não virá com uma hora de modificação do arquivo.