O Chkdsk geralmente é bastante confiável, mas em alguns casos raros o chkdsk pode ficar tão ruim dados do sistema de arquivos que ficam confusos.
Suas tentativas de liberar espaço excluindo dados podem, na verdade, ter piorado as coisas.
NUNCA escreva em um sistema de arquivos suspeito. Exclui são escritas também!
Não se arrisque a mais corrupção de dados: basta copiar todos os dados para outro local e reformatar o disco.