Você pode usar o utilitário de linha de comando Handle da Microsoft Sysinternals. Ele pode dizer a você qual processo mantém o arquivo ou diretório aberto, assim:
handle c:\mydir
Isso mostrará qual processo mantém o diretório aberto, se houver.
Você também pode usar o Process Explorer , mas precisará procurar o arquivo / diretório usando Interface do usuário do Process Explorer.
Enquanto isso funciona, eu ainda acho isso muito complicado, porque eu uso Far Manager o tempo todo, e o FAR é útil o suficiente para mostrar lista e oferecer para matar processos que mantêm meus arquivos abertos se eu estou tentando excluí-los usando a interface Far Manager.