Bem além da Unidade e que ambos são muito personalizáveis, as diferenças mais notáveis são:
MENU
Os menus Administração e Preferências contêm várias opções não encontradas por padrão no Ubuntu, como:
MintAssistant - Permite ao usuário definir uma senha root.
MintBackup - Faz o backup do diretório inicial em um único arquivo.
MintDesktop - Permite ao usuário selecionar ícones da área de trabalho, especificar o modo Nautilus e determinar se deve ou não mostrar telas iniciais para os principais aplicativos.
MintNanny - Proteção à criança.
TEMA
É "Mais Verde" que o Ubuntu;) Como mais "hulkier" Eu gosto de verde tipo de verde.
GERENTE DE PACOTES / GERENCIADOR DE ATUALIZAÇÕES
No Ubuntu você tem o Centro de Software que vimos até agora quando usamos o Ubuntu desde 10.10. No Linux Mint, eles têm seu Centro de Software, que é semelhante, mas inclui a opção de executar arquivos .mint.
LIBERAÇÃO DE ANÚNCIOS
No Ubuntu, se eles dizem que o Ubuntu XX.XX será lançado no dia 10 de outubro, às 10h, com 15 minutos e 20 segundos, você pode ter certeza de que serão 30 segundos depois do que disseram, mas ainda será aquele dia; )
O Linux Mint ainda não tem um lançamento de programação tão perfeito. Eles têm um "When Ready Release" ou o famoso "Soon".
DRIVERS
Enquanto o Debian não tem uma opção fácil para instalar drivers proprietários e o Ubuntu oferece a opção de instalá-lo, o Linux Mint os instala automaticamente, assim como softwares proprietários adicionais como o Flash e outros. No Ubuntu 11.04, por exemplo, você tem a opção ao instalá-lo para incluir esses drivers (e também os de vídeo como o Nvidia).
Isto é apenas no topo da minha cabeça, mas há MUITOS MUITOS mais como a quantidade de desenvolvedores no Ubuntu e a quantidade no Linux Mint. Onde o código é baseado no Linux Mint (Github por exemplo) e no Ubuntu e assim por diante ...
Espero que isso ajude.