Não há diferença funcional, porém $()
torna o aninhamento um pouco mais agradável e fácil de seguir. Considere este exemplo bobo:
$ echo 'echo \'echo \\'echo foo\\'\''
foo
vs
$ echo $(echo $(echo $(echo foo)))
foo
Agora, considere fazer isso com uma série complexa de comandos que fazem algo útil;).