Acredito que isso esteja relacionado a esse bug .
Eu habilitei as notificações de empatia colocando na lista de permissões o aplicativo Empathy. Isso não está exatamente restaurando o comportamento 11.04, mas é uma solução até que o bug seja corrigido.
Veja como fazer isso:
~ $ gsettings get com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist
['JavaEmbeddedFrame', 'Mumble', 'Wine', 'hp-systray', 'Dropbox', 'scp-dbus-service', 'Skype']
~ $ gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['JavaEmbeddedFrame', 'Mumble', 'Wine', 'hp-systray', 'Dropbox', 'scp-dbus-service', 'Skype', 'empathy']"
Sua lista inicial pode parecer diferente da minha. Anote as aspas duplas em torno da lista de saída quando passadas como entrada, bem como a nova entrada para empatia.
Você precisará efetuar logout e login novamente para que as alterações entrem em vigor.
Nota: isso não é ideal. Na minha caixa, quando a área de notificação antiga pisca, parece que está faltando o ícone correto, mas pelo menos eu sei que tenho mensagens esperando. Vou deixar o meu assim até que o Empathy trabalhe com a nova área de notificação.