O novo local para as especificações de idioma é ~/.local/share/gtksourceview-3.0/language-specs/ (observe o 3 em vez do 2 ). Se você colocar seus arquivos .lang lá, eles devem funcionar como antes.
Não tenho certeza sobre os temas do gedit. Eles são realmente gtksourceview estilos? Eles fizeram o mesmo movimento.
Há também uma pasta antiga ~/.gnome2/gedit no meu sistema e também uma em ~/.local/share/gedit . Você pode tentar mover arquivos da primeira dessas pastas para a última e ver se isso resolve o problema.