Você pode configurar isso globalmente para o X. Edite /etc/X11/xorg.conf
, encontre a seção InputDevice para o seu mouse, que deve começar com algo como
Section "InputDevice"
Identifier "Mouse2"
Driver "mouse"
Option "Device" "/dev/input/mouse1"
(...)
e adicione
Option "ButtonMapping" "3 2 1 4 5"
em algum lugar dentro dessa seção. Os números da segunda citação correspondem aos botões que você tem, então se você tem apenas 3 botões, você só precisa colocar
Option "ButtonMapping" "3 2 1"
um assim por diante.
Depois disso, é claro, reinicie o seu X.
EDIT: Outra forma seria adicionar algo como xmodmap -e "pointer = 3 2 1"
ao seu arquivo ~/.xinitrc
(se você usar startx) ou ao final de /etc/X11/Sessions/Xsession
ou /etc/X11/gdm/Xsession
.