Supondo que você o tenha em um contêiner MP4 ... o seguinte deve produzir um MP4 com seis diferentes fluxos de áudio, cada um com um único rip de um dos canais de áudio:
ffmpeg -i input.mp4 -vn -filter_complex channelsplit output.mp4
Este comando ffmpeg mais complicado dividirá o arquivo AC3 em vários arquivos diferentes:
ffmpeg -i input.mp4 -vn -filter_complex 'channelsplit=channel_layout=5.1[FL][FR][FC][LFE][SL][SR]' -map '[FL]' front_left.ac3 -map '[FR]' front_right.ac3 -map '[FC]' front_center.ac3 -map '[LFE]' lfe.ac3 -map '[SL]' side_left.ac3 -map '[SR]' side_right.ac3
Isso só funcionará em compilações do ffmpeg compiladas com suporte para filtros ... mas acho que a maioria das construções do ffmpeg deve ter isso.