Não há diferença. Se você verificar o manual :
-vcodec codec (output)
Set the video codec. This is an alias for -codec:v.
E é claro que -codec é o mesmo que -c .
-c[:stream_specifier] codec (input/output,per-stream)
-codec[:stream_specifier] codec (input/output,per-stream)
No entanto, incentivo as pessoas a usarem a versão -codec / -c , pois ela faz uso de Especificadores de fluxo ( :v , :a , :s ), que também são usados em filtrgraphs ou mapeamento de fluxo.