Se você usar convert , poderá especificar o parâmetro > para reduzir somente imagens maiores, deixando o outro intocado (o \ é obrigatório ou o recurso mágico & não é ignorado):
convert large_image.png -resize 1248x1024\> large_image.png
convert not_large_image.png -resize 1248x1024\> not_large_image.png
Isso só mudará as imagens maiores.
[ETA] convert é parte do ImageMagick .