Você poderia tentar usar o Signo: ele pode dizer qual aplicativo usa uma certa tecla de atalho, embora nem sempre; e se o Activehotkeys não vê um gancho, então eu não espero que Signo também - mas quem sabe.
Para mais testes, você pode baixar o VirtualBox, fazer uma máquina virtual (que é fácil), instalar o Windows nesta máquina virtual e testar as teclas de atalho lá. Se eles ainda não funcionam, então provavelmente é uma coisa estranha de hardware.