Você já tentou o recurso (s) de remoção de ruído do Audacity ?
Isso pode ser mais um 'clique' do que um 'ruído' (parece que sim), então talvez você tenha mais sorte com o Audacity Recursos" Remoção de Clique "?
Exemplo do que está na página:
Sometimes an even better result can be obtained by zooming in (CTRL + 1) to near sample level and either silencing the click (Edit > Silence), or using the Draw Tool to smooth out the contours of the samples and so attenuate the click.