Quando você efetua login, o computador carrega o registro e, nesse caso, o registro do usuário local (HKCU) que informa à sessão atual do Windows onde procurar tudo o que precisa (onde as configurações e os arquivos estão localizados). No caso do perfil móvel, ele lê no registro onde está localizado em um dos servidores centralizados do domínio os documentos, as configurações e os ícones da área de trabalho do usuário.
Quando você faz logoff, qualquer alteração no perfil móvel é gravada de volta nesse local centralizado.