O temporizador de inatividade é a inatividade do usuário, não a inatividade do sistema. Se fosse baseado no sistema, ele nunca duraria, pois os serviços são ativados para executar seus trabalhos, as tarefas programadas podem ser executadas, o antivírus pode fazer uma verificação em segundo plano. Você perceberá que o próprio Windows quase não fica ocioso por mais de alguns segundos (o que não é um problema).
Existem várias maneiras de fazer o seu sistema ficar acordado, o mais fácil deles é criar um novo perfil de energia que se estende (digamos, 4 horas) ou desliga completamente o temporizador enquanto você estiver codificando.
Outra maneira barata e fácil é carregar um vídeo ou arquivo de áudio no Windows Media Player e pausá-lo. Isso fará com que o WMP diga ao sistema para não dormir porque está "reproduzindo" um arquivo de mídia.
A maioria dos codificadores que eu vi (bem, os programas wrapper de qualquer maneira) permitem que você diga para executar uma ação quando estiver completa ou para evitar que ela durma enquanto estiver em execução. Infelizmente, não há realmente nada que você possa fazer ao copiar arquivos, além do conselho acima.
