O RSync é ideal para esse tipo de tarefa.
RSync
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Além disso, uma das belezas do RSync é que você pode usá-lo repetidamente para atualizar seu backup apenas com as alterações - as duas cópias serão sincronizadas, mas você consumirá muito menos largura de banda para transferir apenas as atualizações arquivos (e isso ajuda a reduzir os custos e os requisitos de tempo).