Para limpar completamente o arquivo, você precisa remover os dois atributos estendidos que são usados para marcá-lo como um download em quarentena e acompanhar de onde ele veio:
xattr -d com.apple.quarantine file-to-clean
xattr -d com.apple.metadata:kMDItemWhereFroms file-to-clean
Para salvar digitação e / ou erros de digitação, convém incluir isso em um script de shell simples ...