O Notepad ++ usa as mesmas configurações que o restante dos aplicativos no sistema. Não há nenhuma configuração dentro dele para mudar isso.
P.S .: Se você tiver problemas com texto borrado em configurações de DPI superiores a 96 DPI no Windows Vista / 7, ative a opção "Desativar dimensionamento de exibição em configurações de DPI alto" na guia "Compatibilidade" do programa.