Experimente o Mendeley Desktop : você pode marcar documentos, criar coleções, classificá-los automaticamente (bem como alguns outros formatos) em diretórios / subdiretórios, você pode manter informações bibliográficas prontas para serem usadas como citação / referência no MS Office e / ou no OpenOffice.Org resp. Escritório Libre. Você pode até mesmo sincronizar documentos de sua escolha (por exemplo, várias coleções) on-line e sincronizá-los em todos os computadores que você possui. (Mendeley é multi-plataforma - atualmente estou usando no Windows 7 e Ubuntu.) Você pode até compartilhar suas coleções com outras pessoas.
Ah sim, eu mencionei que é grátis usar. (Até 500 MB de documentos sincronizados e acessíveis online.): D