O phpmyadmin é apenas uma interface no mysql. Você só pode fazer o que tem permissão para fazer com base no usuário que usa para fazer login. No final, o phpmyadmin executa consultas para você com as credenciais de usuário com as quais você faz login e não pode ignorar as permissões do mysql.
Então, se você criar um usuário com acesso limitado, ele poderá usar o phpmyadmin existente.
Você pode experimentar e fazer login com o usuário que criou e ver como a interface é exibida com permissões limitadas.
Atualização:
De todas as instalações do phpmyadmin que experimentei entre diferentes provedores de hospedagem, etc, é assim:
Agora, a partir do outro comentário, você desabilitou isso definindo o usuário no arquivo de configuração. Eu não testei isso, pois não uso mais o phpmyadmin localmente, mas eu suponho que se você remover as credenciais do mysql do arquivo de configuração, você será presenteado com a tela de login acima. Permitindo usar usuários diferentes com permissões diferentes.