O próprio fob não danifica a sua unidade flash, pois é um dispositivo passivo, ou seja, não contém bateria e é totalmente alimentado por um leitor.
É possível que o leitor tenha danificado sua unidade flash depois que sua unidade flash foi colocada próxima ao leitor? Sim, mas é altamente improvável. A potência gerada por esses leitores é muito baixa. O seu flash drive é muito pior no dia-a-dia, desde WiFi até transmissões de celular, e até mesmo transmissões de rádio e TV FM. A única radiação EM que é susceptível de danificar uma unidade flash com tais potências baixas é a radiação EM que tem uma frequência na ordem de 1 exahertz ou superior. Então, a menos que você seja um médico que tenha o hábito de deixar suas chaves em uma mesa de raio X, nada no dia-a-dia danificará os internos.