Desculpe, não posso sugerir uma alternativa ao Hotkey Explorer para Windows 8 ou 10. É uma dádiva no Windows 7.
Eu só posso oferecer a maneira mais primitiva de lidar com esse problema. Primeiro, feche todos os seus programas em execução (incluindo coisas na bandeja do sistema), um por um. Anote o que você fecha e, a cada vez (ou de vez em quando), teste se o seu programa (agora é Greenshot?) Pode usar essa tecla de atalho.
Se tudo estiver fechado, mas o problema persistir, abra a guia Processos no Gerenciador de Tarefas (ou, melhor ainda, baixe o Sysinternals Process Explorer ). Ordene os processos por usuário e comece a matar os processos do usuário (não do sistema), um por um. Novamente, continue verificando se a tecla de atalho se torna disponível. Mais cedo ou mais tarde, você deve encontrar o processo ofensivo. No meu caso, CSRHarmonySkypePlugin.exe (parte dos drivers CSR Harmony para um dongle CSR Bluetooth 4.0 USB) estava pressionando Ctrl + Alt + Acima e Abaixo e alguns outros - sem interface do usuário para configurá-lo ou desativá-lo!
Esse tipo de problema é extremamente irritante. Caça feliz!