Se a extensão não estiver disponível na Chrome Web Store, ela não será sincronizada. Vi isso acontecer com várias extensões que estão no beta privado (Xobni) ou não estão disponíveis na Chrome Webstore (por exemplo, scripts de usuário) ou instaladas nos respectivos sites (uma extensão que criei, o LastPass).
A única solução é como Peter Maxwell mencionou , para instalá-los manualmente.