Existem diferentes tipos de pastas térmicas, algumas das quais (por exemplo, pastas à base de prata) são pelo menos um pouco eletricamente condutivas.
Dito isto, parece que a pasta na tomada da CPU está dentro dos buracos, não entre eles; então curtos-circuitos entre pinos não parecem prováveis.
O que eu me preocuparia não é sobre a pasta ser condutora; mas, na verdade, a pasta não é condutora. Os pinos na cpu recebem / enviam sinais em freqüências muito altas. Sinais de alta frequência são difíceis de transferir de um lugar para outro. As empresas de eletrônicos geralmente empregam engenheiros elétricos especiais cujo único propósito é transferir sinais entre os componentes do sistema com o mínimo de interferência possível, uma vez que requer muito planejamento nessas frequências.
Então, minha preocupação é com a qualidade desses sinais, se a conexão entre a CPU e a placa-mãe, se a tomada tiver um monte de graxa não condutiva nela.