A página do manual ntfsresize tem a resposta:
-b, --bad-sectors
Support disks having hardware errors, bad sectors with those ntfsresize would refuse to work by default.
O comando que você deve usar é:
ntfsresize -b --size <new-size> <hard-disk>
Veja este artigo para um exemplo: Howto: Use o ntfsresize + fdisk para redimensionar uma partição com setores defeituosos .
Outra abordagem é reparar os setores defeituosos antes de se mudar. Eu tenho experiência em primeira mão com SpinRite fazendo maravilhas (laptop ailing reparado e funcionou como novo por mais 3 anos). Semelhante e mais recente é o HDD Regenerator , mas não tenho experiência pessoal com ele. Ambos dão uma garantia de reembolso (pelo que vale a pena).