Dê uma chance ao programa Unlocker . Não só é grátis e compatível com todas as versões do Windows de 2000 até 7, ele permite que você "desbloqueie" identificadores de arquivo de processos sem terminá-los (claro, você também recebe a última opção).
Este é o único utilitário que eu encontrei até agora, o que permite que você faça isso (desbloquear identificadores de arquivo sem encerrar processos ou reinicializar um computador).
Quanto a por que isso está realmente acontecendo, pode ser que o Windows tente armazenar em cache o ícone do aplicativo ou um processo externo (ou seja, antivírus) verificando o arquivo. O Unlocker lhe dirá qual processo bloqueou o arquivo, por isso deve dar uma ideia do porquê isso está ocorrendo.