Para os PDFs, descobri recentemente Mendeley . É multi-plataforma (atualmente usando-o no Windows e Ubuntu), e também oferece alguns gigabytes de armazenamento on-line gratuito para a sincronização de livros, se você quiser esse recurso. Ele tem funcionalidades de marcação e pasta, interface com guias, ferramentas de anotação e lembra onde você leu pela última vez. Pessoalmente, eu não gosto da interface do Caliber e do fato de que achei muito lento.
No entanto, ele não suporta formatos de e-book (por exemplo, epub), o que é uma vergonha, pois é um ótimo software gratuito. Eu recomendo que você ainda dê uma olhada nisso, como eu fiz quando precisei de algo para ler livros e não fiquei desapontado!