Configure um aplicativo de diferenciação / mesclagem autônomo. Como além da comparação: link ou winmerge: link , link .
Isso vai te servir muito melhor. git-gui é um pequeno aplicativo Tcl / Tk, que nunca será desenvolvido em mais nada.
Você pode e também tentar usar um dos grandes IDE-s. A maioria deles sabe como lidar com o GIT e usar seus próprios módulos diff.