Eu acho que Dan está realmente certo na marca. O Privoxy pode ser configurado para passar determinados URLs por meio de um proxy, mas não por outros. Isso realmente facilita a passagem do .onion de tráfego por tor , mas nenhum outro tráfego.
Você deve ser capaz de simplesmente editar sua configuração privoxy ( /etc/privoxy/config no ArchLinux) e adicionar a seguinte linha a ele:
forward-socks4a .onion localhost:<your Tor port here> .
Para mais informações sobre como configurar o privoxy, veja o ArchWiki e a página inicial do privoxy (link acima).