Parece haver um hack do registro disponível para o Windows. Tente o seguinte post.
Eu tenho um Pen-drive de 8GB, tenho 2 partições, uma de 15MB e outra do restante (7GB +).
Eu sei que o Windows só reconhece a primeira partição, existe alguma maneira de montar a segunda partição no Windows.
Parece haver um hack do registro disponível para o Windows. Tente o seguinte post.
Você só precisa ativar a partição primária em ambas as partições.
Você pode seguir esta linha de comando:
diskpart
list disk
select <disk number>
clean
create partition primary size=2000 (mount of size you want on the usb)
format quick fs=fat32 label="name it the way you want"
assign letter=P
active