Este parece ser o comportamento mais esperado. Quando o ibus está ativo e um, digamos, se move para o menu ou sai do modo de entrada, o ibus muda para o método de entrada, já que ele não vê mais um elemento gui com foco e onde é possível inserir texto. A mensagem de erro que você viu ("nenhum contexto de entrada focalizado") é consistente com isso. Ibus permanece ligado quando você volta para a janela de texto sem ter executado um comando porque o contexto do ibus ainda está ativo. O erro é que o contexto do ibus é eliminado quando você executa uma ação e segue isso com um clique na janela de texto. Você ainda está no modo de inserção, mas o contexto do ibus está morto, você precisa ativar o ibus novamente. Isso não acontece em programas como o LibreOffice.
Eu imagino que o bug vem do modo como o vim usa um modo de inserção especial em vez de um modelo padrão de evento gui. Clicar em uma janela de texto normalmente definiria o foco na área de texto, mas aqui não. Para fazê-lo funcionar, precisamos de um add-on como o ibus-el para o emacs. Não tenho certeza de onde você deve enviar um bug para isso.
Para um trabalho em volta, acho que a melhor coisa a fazer é definir um atalho para ativar o ibus nas preferências do ibus. Do menu ibus > preferências > Separador Geral > habilitar caixa. Um bom parece ser Ctrl-p, uma vez que está ao lado do i para habilitar o modo de entrada e o [você pode estar usando para sair do modo de entrada. Eu mantenho seus dedos na mesma área. Quando você está de volta à área de texto, um movimento rápido com os dedos é muito mais fácil do que mover o mouse para cima e clicar duas vezes.