O limite é provavelmente para marketing / branding em vez de razões técnicas. O objetivo do BitLocker é criptografar unidades inteiras, em vez de arquivos ou pastas individuais. A Microsoft quer que as pessoas usem o Sistema de arquivos com criptografia, em vez de segurança em nível de arquivo.
p.s. Considerando que os menores flash sticks que você pode comprar hoje em dia são de 8 GB, 64 MB deve ser pequeno o suficiente para qualquer um.