O Windows 7, por padrão, agrupa os botões da barra de tarefas. Mesmo se você especificar nas propriedades da barra de tarefas "Nunca combinar", os mesmos ícones de processo sempre serão agrupados e movidos como um grupo.
O programa "7+ Taskbar Tweaker" permite que você não agrupe ícones de mesmo processo. Com essas configurações, é possível reorganizar manualmente seus ícones, não importa o quê.
edit: Eu releio sua pergunta e vejo o que você está perguntando com mais clareza. O mesmo programa tem a opção de "arrastar em grupos com o botão direito do mouse". Esta função deve permitir reorganizar as miniaturas das janelas.